Eis que com um colega de trabalho (Douglas), aprendi uma forma eficiente utilizando Jquery e um plugin chamado DD_belatedPNG.

Antes de explicar como fazer, segue uma demo.

Vamos ao funcionamento:

Baixe e adicione o Jquery a sua página.

<script type="text/javascript" src="js/jquery-1.3.2.min.js"></script>

Baixe e adicione entre um comentário condicional o plugin DD_belatedPNG.

<!--[if IE 6]>
<script type="text/javascript" src="js/DD_belatedPNG_0.0.8a.js"></script>
<![endif]-->

Ainda dentro do comentário condicional adicione o seguinte script:

<script type="text/javascript">
jQuery(function() {
	if(!/msie [^6]\.0/i.test(navigator.userAgent) && /msie 6\.0/i.test(navigator.userAgent)){
		DD_belatedPNG.fix('img, .pngfix');
	};
});
</script>

Esse script verifica se o browser é mesmo o IE6 e executa o script caso o png esteja dentro de uma tag img, sendo assim é automático. Caso o png esteja como background de um texto por exemplo, basta add a class “pngfix”.

Simples, é isso!